王镇恶到灞上迎接刘裕时，刘裕称赞道：“成吾霸业者，真卿也 。”王镇恶非常谦虚，“此明公之威，诸将之力，镇恶何功之有焉!”刘裕笑道：“卿欲学冯异也 。”可是没过多久，刘裕就班师回朝了，留下次子刘义真为安西将军、雍秦二州刺史，镇守长安，同时让王镇恶、沈田子辅佐 。
没过多久，关中地区遭到了大夏赫连勃勃的侵扰 。与此同时，留守军队内部的矛盾开始激化 。原来沈田子与王镇恶的关系很差，当时有谣言说王镇恶打算杀光江南人，自己坐镇关中 。因此沈田子公报私仇，设计杀死了王镇恶 。由于晋军的内讧，导致关中地区失守 。刘裕即位后，追封王镇恶为龙阳县侯 。后世将王镇恶供奉到了武庙之中 。

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