黔灵公园集山、林、泉、湖、洞、寺、动物于一体，清绝于世 。有“贵在城中，美在自然”之称 。黔灵山属黔中山原中部的一部分，园区山岭连绵、谷地相间，地形富于变化 。海拔在1100米—1396米之间，地形各有起伏，相对高差不大，约200米左右 。山体有：白象岭、八角岩、大罗岭、象王山、七冲岭、檀山、杖钵山 。其中大罗岭海拔高1396米，是园内及贵阳中心区西北第一高峰 。黔灵山地区由于地质构造复杂，在不大的范围内出露较多的地层，包括二叠系下统茅口组；上统吴家坪组、长兴组，三叠系下统大冶组、安顺组，中统贵阳组及上统三桥组、二桥组和侏罗系中下统自流井群 。
1944年4月，经我国著名地质学家李四光考察，黔灵山弘福寺寺址属于第四纪冰川遗迹“冰窑” 。在地貌上黔灵山一带为浅切割的低山丘陵，地貌变化主要受地质构造和岩性的影响，形成若干种地貌类型，成为其它自然地理成分及整修自然景观发育的基本骨架 。本区岩石包括碳酸盐岩和非碳酸盐岩两大类 。地貌类型按照成因的不同，分为岩溶地貌和常态侵蚀地貌两类 。
黔灵山的地带性土壤为黄壤 。由于受到地质构造和岩性的影响，形成不同的地貌类型，约为北东—南西向的岭谷相间所控制，由背斜所组成的山岭，坡度大，地形陡峻，则土壤冲刷严重，土壤较薄 。在山岭之间的谷地、如东面的麒麟谷、西面的二桥谷、由于地势低平，岩性软、土层均较厚 。地形变化不仅影响土层厚度，还制约了土壤类型的分异 。
黔灵公园园区山岭沟壑众多，坡向齐备，具备各类型植物生长的立地条件，由于历史原因，原始亚热带湿润性常绿阔叶林群落已基本无存 。现存植被以常绿阔叶林被破坏后自然更新的次生植物为主 。植物已知共计128科350属476种，其种数约占全省植物的8.17%，（其中蕨类植物占10.12%，裸子植物占26.56%，被子植物占8.06%），在面积不大的区域里含有如此多的植物，可见其植物种类的丰富 。其中珍稀植物有：半枫荷、岩生红豆树 。
黔灵山地区由于岩石组合多样、构造复杂，地下水的分布情况也较复杂 。公园内有较多的地下水出露地表形成井泉，形成大罗溪、七星潭谷地以及动物园谷地中溪水；泉眼众多水质良好，主要有圣泉、檀泉、白象泉、冷翠泉、大罗泉等 。黔灵湖为人工水库，蓄水面积约22公顷，形成园内开阔的水面 。圣泉是黔灵山风景游览不可分的一部分，史籍及各种笔记都以黔灵山为中心，记述圣泉为：黔灵“山后五里有泉，名圣泉”，黔灵八景也包括圣泉“圣泉百盈” 。圣泉附近有其他泉眼出现 。
上象王岭登瞰筑亭，一览筑城风貌 。公园各处鸟类繁多，猴群时现 。猕猴主要活动于七星潭喂猴场及弘福寺周围 。鸟类大部分为树栖鸟及少量涉水鸟，分布在山谷、黔灵湖及其上游的湿地 。“四围竹林甚茂，松杉滴翠，桂子流香” 。“树出石隙，浓荫障天，人行其间，巾履皆碧，清风忽来，幽籁徐起，山鸟上下，引吭作百种声” 。

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