木星表面有红、褐、白等五彩缤纷的条纹图案，可以推测木星大气中的风向是平行于赤道方向，因区域的不同而交互吹著西风及东风，是木星大气的一向明显特征 。大气中含有极微的甲烷、乙炔之类的有机成份，而且有打雷现象生成有机物的机率相当大 。
大红斑与涡旋
木星的大红斑位于南纬23°处，东西长4万公里，南北宽1.3万公里 。探测器发现，大红斑是一团激烈上升的气流，呈深褐色 。这个彩色的气旋以逆时针方向转动 。在大红斑中心部分有个小颗粒，是大红斑的核，其大小约几百公里 。这个核在周围的反时针漩涡运动中维持不动 。大红斑的寿命很长，可维持几百年或更久 。大红斑的豔丽红色令人印象深刻，颜色似乎来自红磷 。
鹅蛋形物体的自转是逆时针方向，周期大约是六天 。大红斑的维度是24，000至40，000千米X12，000至14，000千米 。它的直径大到可以容得下2至3颗地球 。这个风暴的最大高度比周围的云层高出约8km（5mi） 。
风暴通常都发生在巨行星大气层的湍流内，木星也有白色和棕色的鹅蛋形风暴，但较小的那些风暴通常都不会被命名 。白色的鹅蛋倾向于包含大气层上层，相对较低温的云 。棕色鹅蛋形是较温暖和位于普通云层 。这种风暴持续的时间可以只有几个小时，也可以长达数个世纪 。
外围组成
行星系统
随着行星际空间探测器的发射，不断揭示出太阳系天体中许多前所未知的事实，木星环的发现就是其中的一个早在1974年“先锋11号”探测器访问木星时，就曾在离木星约13万公里处观测到高能带电粒子的吸收特征 。两年后有人提出这一现象可用木星存在尘埃环来说明 。可惜当时无人作进一步的定量研究以推测这一假设环的物理性质1977年8月20日和9月5日美国先后发射了“旅行者1号”和“旅行者2号”空间探测器经过一年半的长途跋涉“旅行者1号”穿过木星赤道面，这时它所携带的窄角照相机在离木星120万公里的地方拍到了亮度十分暗弱的木星环的照片同年7月后其到达的“旅行者2号”又获得了有关木星环的更多的信息 。
根据对空间飞船所拍得照片的研究，现已知道木星环系主要由亮环、暗环和晕三部分组成 。环的厚度不超过30公里亮环离木星中心约13万公里，宽6000公里 。暗环在亮环的内侧，宽可达5万公里，其内边缘几乎同木星大气层相接 。亮环的不透明度很低，其环粒只能截收通过阳光的万分之一左右 。靠近亮环的外缘有一宽约700公里的亮带它比环的其余部分约亮10%，暗环的亮度只及亮度环的几分之一 。晕的延伸范围可达环面上下各1万公里它在暗环两旁延伸到最远点，外边界则比亮环略远 。据推算，环粒的大小约为2微米，真可算是微粒 。这种微米量级的微粒因辐射压力、微陨星撞击等原因寿命大大短于太阳系寿命 。为了证实木星环是一种相对稳定结构这一说法人们提出了维持这种小尘埃粒子数量的动态稳定的几种可能的环粒补充源 。

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