日惹西北40公里处的高地分布着许多佛教和印度教寺庙，这块高地位于孪生火山孙多罗-松宾和默巴布-默拉皮，以及Progo河之间 。根据当地神话，这片所谓Kedu平原是爪哇的圣地，因其土地肥沃而被冠以“爪哇花园” 。
在婆罗浮屠的第一次修复期间，人们发现它和另外两座佛教寺庙Mendut、Pawon连成直线 。虽然这可能是一个巧合，但是当地传说很久以前有砖路从婆罗浮屠通往Mendut 。这三座寺庙的建筑和装饰工艺都属于同一时期，因此人们猜测它们的分布应该归因于某种不可考的宗教习俗 。和其它寺庙不同，婆罗浮屠修筑于一座海拔265米的岩石山上；周围是干涸的湖床，婆罗浮屠的底部高出湖床15米 。湖的存在一度是考古学家的争论热点 。
1931年，一位荷兰艺术家和印度教学者W.O.J.Nieuwenkamp提出一套理论，认为婆罗浮屠起初是一朵漂浮在湖中的莲花 。莲花是佛教艺术中随处可见的形象，经常作为佛陀的宝座和舍利塔的塔基 。婆罗浮屠整座建筑似乎呈现一朵莲花的形象，其中的佛像似乎代表着大乘佛教中的《妙法莲华经》 。塔顶的三层圆台似乎象征着莲花瓣 。然而很多考古学家认为建筑周围的自然环境表明这里不存在湖泊 。

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另一方面地质学家根据发现的粘土沉积物认为W.O.J.Nieuwenkamp的观点可能成立 。2000年一项地层学、沉积物和花粉样本的研究表明婆罗浮屠附近曾经有过湖泊，然而湖泊的面积时时不同 。
【世界之最知识|世界上最大的佛塔遗迹 婆罗浮屠耗时15年时间才建造完】另一项研究证实，在公元13世纪和14世纪之间，婆罗浮屠应该在湖泊的岸边 。印度尼西亚最活跃的火山之一默拉皮就在婆罗浮屠的附近，它从更新世以来就一直喷发着火山灰 。火山和河流塑造了婆罗浮屠周围的环境，也影响了湖泊的充盈和干涸 。

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