学校现有国家级、省部级研究机构44个，其中国家工程研究中心1个、国家生物产业基地实验动物中心1个、国家级国际科技合作基地1个、教育部重点实验室3个、教育部国际合作联合实验室1个、省部共建国家重点实验室培育基地1个、省级工程研究中心5个，省级重点实验室23个，重庆市国际科技合作基地1个、重庆市临床医学研究中心6个、省级人文社科基地1个 。另设有省级“海外高层次人才创新创业基地”和“院士专家工作站” 。学校积极开展国内外交流合作 。近年来，学校与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的20个国家和地区的44所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括美国达特茅斯学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、英国伦敦大学学院等国际名校，广泛开展师生交流和国际科研合作 。同时，与复旦大学、华中科技大学等“双一流”建设高校开展长学制医学生的联合培养 。
【重庆医科大学教务处登录入口地址】学校现有直属附属医院9所（综合性医院5所，儿童医院、口腔医院、康复医院、中医院各1所） 。附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续6年入选“中国最佳医院排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布），2021年分别排名第52位、第58位、第93位 。各直属附属医院共拥有国家临床重点专科28个，编制床位11000余张，年门诊量1035万人次，年收治住院病人40万人次 。此外，学校还有20所非直属附属医院和30所教学医院，分布在重庆、四川及深圳等地 。

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