齐云山还与一位英雄有关，这英雄就是方腊 。宋徽宗宣和二年（公元1120年）秋天，方腊发动起义，杀富济百思特网贫 。义军声势浩大，不到半年时间，就攻占了歙县等六州五十二县，威震东南 。宋徽宗曾下令童贯率军十五万镇压，没有取胜 。朝廷又三次下诏“招抚”，均遭方腊严词拒绝 。方腊义军在齐云山的独耸峰上屯兵，抗击宋王朝官兵的围剿 。在齐云山上，方腊义军凭借险要的崖涧和天生的云雾，把守要隘，居高临下，用刀剑和滚石把宋朝官兵打得落花流水 。齐云山上，粮草丰盈，池塘满溢，方腊依岩洞建寨，本来可以固守，但由于义军中出了叛徒，一夜之中，决了池水，烧了粮库，义军陷于绝境 。方腊设计退了官兵，下了齐云山后，在浙江帮源洞被捕 。公元1121年秋，方腊在汴京遇害 。