正统十三年（1448），升兵部左侍郎 。
次年秋，明京军主力在土木堡之战中溃败，英宗被俘，蒙古瓦剌军乘胜进攻京师（今北京） 。
在此关头，于谦反对迁都，力主抗战，升任兵部尚书，率军击败瓦剌军，取得京师保卫战的胜利 。
战后，他首创团营军制，加强边戍，委任名将镇守 。
主张以战求和，多次击败瓦剌军的进攻，迫使其首领也先释放英宗回朝 。
景泰八年（1457）正月中旬 ，英宗借夺门之变重登帝位 。
二十二日，于谦遭诬陷被害 。
后沉冤昭雪，赠太傅，谥肃愍，又改谥忠肃 。
遗有《于忠肃集》《于谦集》 。

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