习惯上,dna序列由5’端(在左边)向3’端书写,一般5’端是磷酸基而3’端是羟基 。
2.双螺旋的两条链序列互补:
答:腺嘌呤(a)和胸腺嘧啶(t)配对,鸟嘌呤(g)和胞嘧啶(c)配对的结果是使两条相互缠绕的链上的碱基序列呈互补关系并赋予dna自我编码的特性 。
3.碱基会从双螺旋中翻转出来:
答:有时单个的碱基会从双螺旋中突出,这种值得注意的现象叫做碱基翻出(base flipping) 。
4.dna双链可以分开(变性)和复性:
答:当dna溶液温度高于生理温度(接近100℃)或者ph较高时,互补的两条链就可分开,这个过程称为变性(denaturation) 。dna双链完全分开的变性过程是可逆的,当变性dna的热溶液缓慢降温,dna的互补链又可重新聚合,形成规则的双螺旋 。由于变性的dna分子具有复性的能力,因此来源不同的两条dna分子链通过缓慢降温也可形成人工杂交分子 。在第20章里,两条单链核酸形成杂交分子的能力被称为杂交(hybridiztion) 。这是分子生物学中几项不可缺少的技术的基础 。例如,southern印迹杂交(第20章)和dna芯片分析(第18章,框18-1) 。由于双螺旋dna的光吸收比单链dna少40% 。当dna溶液温度升高到接近水的沸点时,光吸收值(absorbance)在260nm处明显增加,这种现象称为增色效应(hyperchromicity);而减色效应则是因为双螺旋dna中的碱基堆积降低了对紫外线的吸收能力 。
吸光度增加到最大值一半时的温度叫做dna的熔点(melting point) 。
5.连环数由扭转数和缠绕数共同决定:
答:连环数(linking number)是指要使两条链完全分开时,一条链必须穿过另一条链的次数(用lk表示) 。
连环数是扭转数(twist number,用tw)和缠绕数(writhe number,用wr表示)这两个几何数的总和 。扭转数仅仅是一条链旋绕另一条链的螺旋数,即一条链完全缠绕另一条链的次数 。在三维空间里双螺旋的长轴经常重复地自我交叉,这称为缠绕数 。6.细胞中dna呈负超螺旋的意义:
答:负超螺旋含有自由能,可以为打开双链提供能量,使dna复制和转录这样的解离双链的过程得以顺利完成 。因为lk=tw+wr,负超螺旋可以让双螺旋扭转数减少,负超螺旋区域因而有局部解旋倾向 。因此,与松弛态dna相比负超螺旋dna更易于解链 。7.拓扑异构酶有2种基本类型:
答:拓扑异构酶(topoisomerase)可以催化dna产生瞬时单链或双链的断裂而改变连环数 。拓扑异构酶Ⅱ通过两步改变dna连环数 。它们在dna上产生一瞬时的双链缺口,并在缺口闭合以前使一小段未被切割的双螺旋dna穿过这一缺口 。拓扑异构酶Ⅱ依靠atp水解提供的能量来催化这一反应 。相反,拓扑异构酶Ⅰ一步就可以改变dna的连环数,其作用是使dna暂时产生单链切口,让未被切割的另一单链在切口接合之前穿过这一切口 。与拓扑异构酶Ⅱ相比,拓扑异构酶Ⅰ不需要atp 。
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