前初 ， 申仪久在魏兴郡，专威弄权，擅自借皇帝名义刻制印信，私相授予 。孟达被杀之后，申仪自生疑虑 。当时各郡郡守见司马懿克敌制胜，纷纷奉礼祝贺 。司马懿听之任之，并让人向申仪暗示 。申仪只好前来祝贺 。司马仪乘机将他收捕 ， 送往京师 。
司马懿又将孟达余众七千余家迁往幽州 。不久蜀将姚静、郑他等率其部属七千余人来降 。
当时边郡新附，户口不实 。朝廷想加以核实，请司马懿进京，征询他的意见 。司马懿认为：“贼以密网束下，故下弃之 。宜弘以大纲，则自然安乐”(《晋书·宣帝纪》) 。明帝又部他吴蜀都该讨伐，应该先从何处著手司马懿回答说：“吴以中国不习水战，故敢散居东关 。凡攻敌，必扼其喉而摏其心 。夏口、东关，贼之心喉 。若为陆军以向皖城，引权东下，为水战军向夏口，乘其虚而击之，此神兵从天而坠，破之必矣”(《晋书·宣帝纪》) 。明帝同意他的看法，命他仍旧驻扎宛城 。
太和二年(228年)五月，吴鄱阳太守周鲂派人送亲笔信给曹休，谎称受到吴王责难，打算弃吴降魏，请求派兵接应 。曹休未辨真伪，即率步、骑兵10万人，去皖城(今安徽潜山)接应 。明帝也(治晋阳，今太原西南)命司马懿率军向江陵(今湖北江陵)，与曹休相策应 。八月，曹休为吴军大败，残部幸得贾逵接应，方得生还 。
太和三年(227年)，蜀丞相诸葛亮第三次出兵攻魏，并占据武都、阴平二郡 。太和四年(230年)，魏明帝决定兴师伐蜀 。升司马懿任大将军、加大都督、假黄钺 ， 与大司马曹真一起伐蜀 。
八月 ， 魏明帝命曹真率主力由长安入子午谷 ， 左将军张郃出斜谷，司马懿自荆州溯汉水出西城(今陕西安康西北)，将兵分三路会攻汉中 。司马懿从西城开拓道路，水陆并进，沿著沔水逆流而上，直达朐腮，攻克新丰县，驻军丹口 ， 后遇雨班师 。
太和五年(231年) ， 二月，蜀汉丞相诸葛亮率军第四出进攻魏，包围祁山(今甘肃东南部山地)贾嗣、魏平部，并以木牛流马运输粮草 。明帝对司马懿说：“西方有事 ， 非君莫可付者”(《晋书·宣帝纪》)，派他西驻长安，都督左将军张郃、雍州刺史郭淮等防御蜀军 。司马懿留部将费曜、戴陵率4000人守邽(今甘肃天水)，自率主力西救祁山 。张郃劝司马懿分兵驻扎雍、郿两地，以作大军后镇 。司马懿不同意 ， 他说：“料前军独能当之者，将军言是也 。若不能当，而分为前后，此楚之三军所以为黥布禽也 。”于是挺进喻麋 。
诸葛亮闻魏大军将至 ， 亦分兵一部继攻祁山，自率主力迎击司马懿 。郭淮及费曜等部袭击蜀军，被诸葛亮击破 。便亲率蜀军乘势抢先收割熟麦，获得军粮 。