灵隐寺的创建，颇具传奇色彩 。前章已经提到过，印度僧人慧理从中原云游入浙，登临灵隐山时，见山中一峰似曾相识，说："此乃天竺灵鹫山一小峰，不知何代飞来?佛在世日，多为仙灵所隐 。"遂在飞来峰下卓锡建寺，连建五刹：灵鹫、灵隐、灵山、灵峰、灵顺 。除灵隐之外，其他四寺或废或更，均已不存 。寺院初创之际，佛法不盛，一切禅林规制，初具雏形 。僧不甚众，游客清淡，香火寂寥 。所以刘宋智一法师住持时，因寺院法务清淡，有足够的时间来啸聚群猴，自称猿父，与之玩耍竟日 。
到了南北朝时，佛界喜得福音，门阀士族竭力提倡佛教，信奉佛法，广建浮屠 。当时南齐的竟陵王萧子良与梁武帝萧衍等都大力推崇佛教 。梁武帝天监三年(504年)，萧衍下诏"舍道归佛"，将佛教奉为国教，随即大兴土木，建寺立塔 。一时间，佛刹林立，出现"南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中"之盛况 。杭州为南朝属地，自然就出现了不少佛寺 。古人云：上有所好，下必从之 。皇帝爱佛教，便会到处见到寺院，听到梵呗钟声 。当时，在杭州，就建有天真寺、净空寺、东林寺、建国寺、发心寺、孤山寺等，还有许多俗家居士，舍宅建寺，供奉香火 。灵隐寺也得到了梁武帝的青睐，赐田扩建，规模粗具，香火渐盛 。不过，这样的好时光不长，至北周武帝年间(561-578年)，一度宣布废佛，并下令僧徒还俗，焚烧法器佛典，将寺庙充作公产 。尽管这次法难对北方寺院打击很大，南方寺院稍好，但也不能说没有丝毫影响 。有些胆小的僧人，风闻法难之声，便悄悄溜走，还俗的还俗，隐居的隐居，致使灵隐寺陷入冷落荒寂之中 。
隋文帝仁寿二年(602年)，隋文帝不但恢复佛教，还派僧人慧诞法师来杭弘扬佛法 。在灵隐寺前飞来峰与莲花峰之间的栈道，建神尼舍利塔(后倾圮) 。到了唐代，灵隐寺宇已具相当规模 。唐朝茶圣陆羽的《灵隐寺记》载："晋宋已降，贤能迭居，碑残简文之辞，榜蠹稚川之字 。榭亭岿然，袁松多寿，绣角画拱，霞晕于九霄；藻井丹楹，华垂于四照 。修廊重复，潜奔潜玉之泉；飞阁岩晓，下映垂珠之树 。风铎触钧天之乐，花鬘搜陆海之珍 。碧树花枝，舂荣冬茂；翠岚清籁，朝融夕凝 。"
陆羽，唐肃宗时人 。当时他为了撰写《茶经》，考察茶山，曾寓居过灵隐 。他还写过《二寺记》："南天竺，北灵隐，有百尺弥勒阁、莲峰堂、白云庵、千佛殿、巢云亭、廷宾水阁、望海阁 。"可以说，陆羽的记载是非常可信的，当时，灵隐寺的规模已非常了得 。寺宇的规模一大，天下高僧云集 。唐长庆时(82l一824年)，灵隐寺僧道峰专修"华严宗"，他常在灵隐寺本山和杭州各寺之间讲经说法，信徒甚众 。据白居易《华严经社石记》载：唐长庆二年(822年)，道峰在龙兴寺开讲《大方广佛华严经》时，听众达数千人之多，盛况空前 。
华严宗也名"贤首宗"，以其创始人唐僧法藏受赐"贤首"之号，故名 。该派以《华严经》为主要经典，认为佛教由浅入深可分五个层次：小乘(即声闻小乘教)、始教(即大乘初阶)、终教(即大乘终阶)、顿教(顿超顿悟法门)、圆教(圆满无缺无碍之理沦) 。又以"六相"、"十玄"、"三观"作为基本思想 。阐发了《华严经》有关"法界缘起、理事无碍、事事无碍、无尽圆融"的教义，并以"圆融无碍"作为最高的认识境界 。该教融入儒、道思想，调和了佛教内部各派之间的矛盾 。当时的灵隐、天竺诸寺，皆奉华严宗，一时间，宗风甚炽 。
继北周武帝毁佛之后，唐会昌五年(845年)，发生了佛教史上再一次大规模的"会昌法难"事件 。唐武宗力主排佛废佛并禁佛 。灵隐寺噩运难逃,寺毁僧散，钟寂烟灭 。其后，稍作恢复，然一时难成气候，仅延香火而已 。到了吴越王钱镠时，情况大有改观 。相传，钱氏寒微之时，初奉道教，后遇高僧法济，对他说"他日独霸吴越，当须护持佛法 。"并劝他："好自爱，他日贵极，当以佛法为主 。"他对法济禅师十分尊重，"见必跪拜，檀施丰厚，异于常数" 。法济圆寂时，他亲自撰写赞词并亲执丧礼，追谥为"建初兴国大师" 。临终时，钱氏又告诫他的儿子："吾昔自径山法济示吾霸业，自此发迹，建国立功，故吾常厚顾此山焉!他日汝等无废吾志 。”于是，钱氏三代五王始终奉行"信佛顺天"之旨，使得杭州城乡，遍布寺院 。寺与寺之间，梵音相闻，僧众云集 。据史书记载：“吴越国时，九厢四壁，诸县境内，一王所建，已盈八十八所，含十四州悉数数之，不胜举目矣 。”吴越寺庙"倍于九国"，扩建创建的寺院有史可据的就有二百余所 。在杭州的历史上，吴越时期，吴越王"以有土有民为主，不忍兴兵杀戮"，保境安民，休兵乐业 。清明向上的"吴越之治"，使杭州成为东南地区的政治、经济、文化中心，更是佛教文化的中心 。吴越时期的摩崖石刻，佛像塑造、佛经雕刻特别丰富，寺宇园林、佛塔经幢随处皆有 。学佛习禅之人日渐增多，佛门禅坛的诗词文章层出不穷，灵隐寺再一次佛光重现 。后汉天福十二年(947年)，吴越王钱弘仿曾扩建灵隐寺为九楼、十八阁、七十二殿 。一时间僧众三千之多，常有异邦僧侣前来取经 。后周显德七年(960年)，他又从奉化请来高僧延寿主持灵隐寺，新建僧舍五百余间，建石幢二座 。东建百尺弥勒阁，西有祗园，共有殿宇房舍一千三百余间，廊庑曲折萦回，自山门左右连接方丈，称寺为"灵隐新寺" 。从宋初文学家罗处约的《重修灵隐寺碑记》可以看出，那时的灵隐寺建筑精美，环境清幽，内部装饰非常华丽，寺容极为庄严 。苏东坡《游灵隐寺》一诗中有"高堂会食罗千夫，撞钟击鼓喧朝晡"之句，可以想见灵隐寺在那时的空前盛况 。唐人司空曙《灵隐寺》曰：

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