另一方面，濒海战斗舰也有不少缺点，存在的主要问题如下：
一是武器系统不够完善，没有垂发装置 。传统护卫舰一般具有多种用途，具备防空、反潜、反舰、对地等多种用途，而濒海战斗舰的模块化设计，没有安装垂直发射装置，所携带的武器种类也比较少 。



二是任务模块的转换较慢，需要的时间较长 。虽然濒海战斗舰可以加装不同任务模块以执行不同任务，但目前模块的拆装效率较低，设计更换时间为96小时，然而实际情况是大约需要两周百思特网才能完成，而且必须停靠在具备一定条件的港口内进行 。
三是自持力较短，作战半径较小 。濒海战斗舰的吨位较小，而且以MT30燃气轮机为主的动力系统体积较大，挤压了其他空间，包括武器、燃料、生活物资等都受到了影响，该型战舰的自持力只有21天，限定了它的作战范围 。



四是造价和使用成本高，经济性较差 。濒海战斗舰的首舰造价约6~7亿美元，量产之后虽然有所减少，但是单个任务模块的造价也高达一亿美元，总体成百思特网本仍然偏高 。而且在使用过程中，各任务模块的更换也需要一定投入，使用和维护成本都不低 。
五是无法拦截反舰导弹，生存能力较弱 。濒海战斗舰的武器配置较弱，仅靠“海拉姆”防空导弹无法抵挡住超音速反舰导弹的饱和攻击 。而且一旦受损的话，由于舰体较小，很容易沉没，生存能力较弱 。



针对以上缺点，濒海战斗舰进行了部分改进 。比如在武器方面，美国海军改造了“长弓海尔法”导弹，使其可以在濒海战斗舰上使用，还测试了导弹垂直发射装置 。2017年3月，加装了垂直发射系统的“底特律”号濒海战斗舰，在海上成功试射了“长弓海尔法”导弹 。目前濒海战斗舰仍在不断改进中，短板将会越来越少 。不过在2017年7月，美国海军发布了新一代护卫舰FFG（X）的设计招标，此举或预示着美国海军将不会再继续采购濒海战斗舰 。