事后朝廷兑现承诺，刘牢之如约取代王恭，接管兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务，从一名只是带领偏师作战的将领，一跃成为手握重兵的强藩，获得了实质性的重大利益 。当然临阵倒戈这事干得很不厚道，刘牢之同时被谴责背主求荣也不算冤，但也不是没有自我辩解或自我安慰的余地 。
一是王恭毕竟是以下抗上，理上有点站不住脚 。刘牢之反叛王恭还可以说成是选择拥护朝廷的大义，舍弃忠于王恭的小义 。以清君侧为名起兵逼迫朝廷，这样的事不可多为 。而王恭干了一次还来第二次，画风似乎也有点不对，在朝廷和其他地方势力看来，已经颇有跋扈的味道 。晋室南渡以来，地方势力威胁朝廷的事屡屡发生，有王敦、苏峻、桓温反叛在前，王恭手握重兵，一言不合就对朝廷武力相逼，谁知道以后会不会效仿？何况王恭第二次起兵本就过于任性，是被庾楷利用了，除了殷仲堪、桓玄等别有用心的野心家，支持者并不多 。刘牢之也劝过王恭，但王恭不听 。
二是王恭性情倨傲，不善抚御下属 。王恭门第高贵，虽然倚重刘牢之的作战能力，但只当作行阵武将对待，视之为走卒，并不太礼遇，刘牢之自然心中不忿 。王恭第一次逼宫时，起用王廞为吴国内史，令其起兵响应 。然而事成之后便马上要求王廞解职，有点卸磨杀驴的意思 。王廞不服，起兵反抗王恭 。刘牢之被王恭派去击灭王廞，只怕也会感到有些心寒 。
鉴于这两点，刘牢之反叛王恭也不是完全说不过去 。当时对刘牢之予以道义上的谴责，恐怕更大程度上是对刘牢之掌握北府兵感到眼红 。荆州方面的杨佺期、桓玄就打着为王恭申辩的旗号，起兵进逼京城建康，威胁朝廷要求除掉刘牢之 。刘牢之也不客气，率北府兵进驻建康附近的新亭，迫使对方退兵，而刘牢之则得以牢牢掌握北府 。随后率军平定卢循孙恩起义，风头一时无两 。单纯从成败的角度来看，刘牢之反王恭这笔买卖还是划得来的，决策不算失误 。

刘牢之第二次反叛是反司马元显 。元兴元年，桓玄起兵叛乱，沿长江顺流而下直逼建康 。朝廷任命刘牢之为前锋都督、征西将军，领江州刺史，率军讨伐桓玄 。此前一直表现勇猛的刘牢之突然变得畏首畏尾起来，担心打不过桓玄，又担心打胜以后功高震主而被掌权的司马元显猜忌 。桓玄派人一劝，刘牢之居然不顾刘裕以及儿子刘敬宣、外甥何无忌等人的极力劝阻，轻易就向桓玄投降，让桓玄轻松攻入建康，导致司马元显及其父司马道子被杀 。
这次反叛实在有些莫名其妙，让人难以理解 。刘牢之以建军元老的资历掌握北府兵，坐镇战略要地京口，挟平定孙恩卢循起义的胜利之威，可谓名声大振 。以此时的地位和实力，桓玄多半不敢轻举妄动，而朝廷也没有能力说拿下就拿下，真不知刘牢之的恐惧从何而来 。

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