虽然乌尾船各项指标都十分有益，但是因其造价高昂，数量在舰队之中最少 。在冲锋时，多担任先锋冲犁敌船，与敌人接弦展开白刃战 。而与敌人在远距离进行火炮对射任务，则是由舰队中的另一种船只—鸟船来承担 。鸟船从嘉靖时的开浪船发展而来，开浪船的船身很小，其以头尖而得名，吃水仅三四尺，四桨一橹，其形如飞，船内只能容三五十人 。万历时鸟船逐渐大型化，福建沿海海商经常用此船载货去各地贸易，其“船身长，安两艕，有橹六支，尾后催稍橹两支，不畏风涛，行使便捷” 。这时的鸟船船身两旁从4桨变为6橹，尾后也增加了1支橹，其推进力得到增强 。也有两旁无橹的鸟船 。
到了崇祯年间，鸟船的船体相对于嘉靖、万历时期的鸟船大上许多，其身长已经达到了7丈5尺，而且橹设在船尾，两旁并不设橹 。何汝宾《兵录》载，鸟船“头小肚澎，身长体直，尾有两边，催橹两支，有风扬帆，无风摇橹，转折轻便，篷长橹捷，如鸟之飞也” 。鸟船的船身虽然庞大，但速度足与沙船、唬船并驾齐驱 。

《福州城图》中所描绘的鸟船是单层甲板的大鸟船 。虽然它被称为“鸟船”，但整艘船看上去并不像一只鸟，反而更像一条巨大的怪鱼，船首的前方形似怪鱼的巨口，牙齿长在舌头边，眼睛硕大 。桅杆和帆则形似怪鱼的鳍，而高大且向后突出的船尾楼则犹如怪鱼的尾巴 。整艘船色彩艳丽，装饰豪华，船头两边牙齿状的东西可能是为防止海贼从船头登船的铁钉，这种在船只薄弱部位设置铁钉的做法，在明代末期比较普遍 。
《兵录》中就曾记载：“舩斗头用板闸使贼不能乘隙而上，其板定用钉钉出头，使贼不得近板，至于舵襟、橹门及便门，至夜，俱用钉板闸盖 。”船两侧有数个炮眼，估计可以安放8~11门大炮 。除了单层的大鸟船外，《福州城图》中还有一艘双层甲板的大鸟船 。该船船体明显要比单层甲板的鸟船大得多，并且为双层甲板，一侧的炮眼就有9个，照此推算，可以装备18门以上的大炮 。
按《明档》中所载“职犹记粤东与镇臣郑芝龙破刘香时，阅其战舰，坚原如铁城，每船可安置大铳二十四位”来看，郑芝龙所用战舰配备火炮24门，其体型恐怕比《福州城图》中的大鸟船还要大 。以乌尾船和鸟船为主力，郑芝龙构建了一支强大的舰队，打败了许心素等人，夺得厦门海域的控制权，从而控制了中国的对外贸易 。

1644年，中国发生巨变，清军南下入主中原 。郑芝龙面对动荡的局势，再次使出他投机的手段，不过这次他的野心显然更大，要效法吕不韦的“奇货可居” 。他在福州拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武 。郑芝龙也因此得以负责隆武政权的军政大权，一时间权倾朝野 。尽管隆武帝想有一番作为，但郑芝龙却只想着如何保住自己的势力 。因而隆武政权内矛盾不断，失去了对抗清朝的可能 。

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