秦始皇不但建立了一套专制主义中央集权的统治机构和制度，而且还采用了战国时期阴阳家的终始五德说，以辩护秦朝的法统 。终始五德说认为，各个相袭的朝代以土、木、金、火、水等五德的顺序进行统治，周而复始 。秦得水德，水德尚黑，所以秦的礼服旌旗等都用黑色；与水德相应的数是六，所以符传长度、法冠高度各为六寸，车轨宽六尺；水德主刑杀，所以政治统治力求严酷，不讲究“仁恩”和“义”；与水德相应，历法以亥月即十月为岁首，等等 。秦始皇还确定了一套与皇帝地位相适应的复杂的祭典以及封禅大典，择时进行活动 。秦始皇在咸阳附近仿照关东诸国宫殿式样营建了许多宫殿，并于渭水之南修造富丽宏伟的阿房宫 。咸阳宫殿布局取法于天上的紫微宫，俨然是人间上帝的居处，天下一统的象征 。秦始皇还在骊山预建陵寝，墓室中以水银为百川、江河、大海，机相灌输，上具天文，下具地理 。他采取这些措施，和他采用皇帝的名号一样，是要表示他在人间的权力与上帝在天上的权力相当，从而向臣民灌输皇权神秘的观念 。皇权神秘观念，是专制主义中央集权制度的思想基础 。
皇权的加强和神化，郡县制的全面推行，体现专制皇权的官僚机构和各种制度的建立，法律的完备和统一，皇帝对军队控制的加强等等，这些就是专制主义中央集权制度的主要内容 。专制主义中央集权制度，在当时的条件下是维持统一所不可少的条件 。但是这种政治制度对百姓的束缚极大；而且它对经济文化发展的促进作用也可以转变为阻滞作用，这在封建社会后期更为显著 。
防止封建割据的措施 长期分裂局面造成的影响，使秦始皇非常关心六国旧地的动静，担心六国旧贵族图谋复辟 。为了防止割据的再现，秦始皇把六国富豪和强宗十二万户迁到咸阳，另一部分迁到巴蜀、南阳、三川和赵地，使他们脱离乡土，以便监视 。他把缴获的和没收的武器加以销毁，在咸阳铸成十二个各重千石的钟?铜人 。又下令“堕坏城郭，决通川防，夷去险阻”，尽可能消灭封建贵族依以割据的手段 。为了控制广阔的国土，特别是六国旧境，秦始皇还修建由首都咸阳通到全国各地的驰道，东穷燕齐，南极吴楚 。他自己多次顺着驰道巡游郡县，在很多地方刻石纪功，以示威强 。为了加强北方的防务，秦始皇三十五年（前 212年），又修筑由咸阳经过云阳（今陕西淳化西北），直达九原（今内蒙古包头西）的直道，堑山堙谷千八百里 。在西南地区，还修筑了今四川宜宾以南至云南昭通的五尺道，于近旁设官进行统治 。
秦始皇对分裂割据的思想和政治倾向，也进行了斗争 。当时的一些儒生、游士，希望复辟贵族割据局面，他们“入则心非，出则巷议”，引证《诗》、《书》、百家语，以古非今 。始皇三十四年，丞相李斯请求焚毁《诗》、《书》，消灭私学 。他建议“史官非秦记皆烧之 。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之 。有敢偶语《诗》、《书》者弃市 。以古非今者族 。吏见知不举者与同罪 。令下三十日不烧，黥为城旦 。所不去者，医药卜筮种树之书 。若欲有学法令，以吏为师” 。秦始皇接受了这一建议，于是就发生了焚书事件 。第二年，为秦始皇求仙药的方士有诽谤之言,又相邀逃亡，秦始皇派御史侦察咸阳的方士，把其中被认为犯禁者四百六十多人坑死 。在早期封建社会的历史条件下，在统一与分裂激烈斗争的年代，秦始皇用焚书坑儒手段来打击贵族政治的思想是可以理解的 。但是，焚书坑儒摧残文化，是极其野蛮残暴的事，对于古文献的保存和学术的传授，造成了极大的损失 。
[另有说法，当时秦朝迫于匈奴入侵的压力，必须尽快安定国内，儒生、游士要求复辟贵族割据局面，无异于给匈奴趁内乱入侵的机会，故打压儒生私学]
秦始皇施政定制虽已兼采阴阳等家思想，但根本上是以法家思想为依据 。“焚诗书”以及“以法为教”，“以吏为师”等，更突出地反映了他的法家思想 。秦始皇以原来秦国的制度为标准，整齐划一全国政治、经济、文化方面的一些制度，企图尽可能消除由于长期分裂割据造成的地区差异，以利统一 。战国时期，各国文字的基本结构虽然相同，但字体繁简和偏旁位置却有差异 。李斯受命统一文字，他以秦国的文字为基础，参照六国文字，制定小篆，并写成范本，在全国推行 。当时还流行一种书法，叫做隶书，比小篆更简便 。
秦始皇废止战国时各国形制和轻重大小各不相同的货币，改以黄金为上币，以镒（二十两）为单位；以秦国旧行的圆形方孔铜钱为下币，文曰半两，重如其文 。

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