而朱之瑜也用自己的表现证明，他的宗师名号，着实名不虚传 。工作态度极其认真 。虽说日本人水平资质比明朝学生差太远，但他毫不歧视，教学的每个环节，更是督导严格 。最令日本学生们感慨的，就是朱之瑜的因材施教 。比如学生安积觉耐心差，朱之瑜就对症下药，特意给他一个作业本，让他把每天的学业，学完后原原本本写下来 。学生服部其衷常耍小聪明，经常装病旷课，但朱之瑜每次都谆谆善诱，一劝就是一整晚 。这位顽劣的学生，从此态度大变，终生勤恳治学 。如上美谈，在日本各色史料中，一直津津乐道 。
而且教书的朱之瑜，真拿学生们当亲人，谁家里出事，经济有困难，他都慷慨帮助 。还很会做心理辅导，所谓“抚之如慈母，督之如严父 。”正是他一直以来的光辉形象 。工作认真的朱之瑜，把他一生最光辉的学问：实学 。毫无保留的传授出来 。这时的他，自身学问早已成熟，更大胆创新，自成一家 。开创的独特思想体系，甚至超越了他所生活的时代 。

朱之瑜的实学思想，归结下来有五条 。而对当时日本影响最直接的，正是其代表哲学思想：践履论 。践履论，就是强调实践 。细解起来：一是认为儒家的“道”，存在于实际生活之中 。求“道”的要靠实践中的学习领悟 。而且任何一种“道”，更有实际的应用性 。二是人的品格形成，也来自于实际生活行动，获得崇高的道德，需要人后天勤奋的努力 。
对当时日本来说，这思想的一大作用，就是包容性 。日本几大学派，各执一端不说，多年的学术争论，斗成一团混沌 。朱之瑜一讲学，这下混沌全开：朱之瑜既对几大儒学流派的成就客观认可，更逐一点出不足，提出全新思路 。从此几大学派求同存异，相互交流，变得十分团结 。
而比起思想来，朱之瑜的政治观点，更深远影响了日本政治演进：革新论 。朱之瑜不但倡导仁政，而且对于仁政的内容，也做了大胆定义：不止要求皇帝勤政爱民，更讲究“利民”，也就是要把国家的经济搞上去，从而富国强民 。更把商品经济提到极高位置 。即使与同时代西方“重商主义”思潮比，朱之瑜的观念，也毫不逊色 。
特别进步的是，在实现“利民”的问题上，朱之瑜更有创造，提出了“礼教”和“法治”并重：一个成熟的国家，道德教育和法制约束，是俩条腿走路，法律的进步与执行，更要以保护道德为根本目标 。如此主张，即使放在现代社会，也是振聋发聩 。也正是这种革新思想的传播，在未来的二百年里，仿佛一股汹涌的暗流，默默推动了日本社会的演进，甚至对于十九世纪日本的明治维新，也是影响深远 。
而与“革新论”相辅相成的，便是朱之瑜独特的经济思想：致用论 。这个理论最重要的，就是对于明朝的灭亡，做了痛苦的反思：这是经济的破产 。水深火热的局面下，只知道添丁加税，好些官员空谈道德，却没有实际利民的本事，终于把这个王朝彻底败掉 。在反思之后，朱之瑜对怎样繁荣经济，总结出三条办法：一是执政者要懂经济，二是要鼓励民营经济 。第三条是技术革新，农业和手工业技术的进步，是经济发展的源头 。这条对日本的直接影响是：朱之瑜到了日本后不但教书，更教生产 。

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