特别值得一说的是，对朱之瑜的史学思想，日本人也是有选择性继承 。朱之瑜“尊史论”中另一思想，反而在日本重视不多 。但这个思想即使对于今天，也有极大意义：百姓者，分而听之则愚，合而听之则神 。其心既变，川决天崩 。这换按照白话说，就是人民群众，才是历史前进的动力 。
就这样，朱之瑜人生最后二十年时光，仿佛一抹浓重的晚霞，在日本的国土上，招摇出片片动人的华彩 。他门下弟子遍布，最亲近的五大弟子，即安积觉，今井弘济，五十川刚伯，服部其忠，下川三省 。都成为日本历史上影响深远的精英名流 。特别是安积觉，他开辟了日本近代儒学的重大流派：水户学派 。
永历三十七年四月，八十三岁的朱之瑜，溘然长逝于日本大阪 。留遗嘱要求：自己的墓碑之上，一定要写上“故明人朱之瑜墓” 。享誉日本的朱之瑜，一生过得十分清苦 。但临终的时候，家产却积攒了三千多黄金 。这是他省吃俭用二十年，筹措的反清复明经费 。故国的沦丧，他一生念念不忘 。
他的离世，更成了日本举国的痛事 。送葬当日，许多弟子当场失声痛哭 。最早的学生安东守约，在朱之瑜周年祭奠的时候，依然泣不成声：老师您这样离开了，以后我的学问有了疑惑，还能向谁求教呢？

朱之瑜死后，他的弟子们做得最重要的一件事，就是整理朱之瑜文集 。其中最为著名的，就是《舜水先生文集》，这部共28卷的巨著，一直到日本近代，诸多日本倒幕和维新时代的精英人物，依然对此敬慕不已，诚如安东守约的感慨：对于朱之瑜这位杰出的哲人，几百年间，日本人一直求教不息 。
朱之瑜过世八个月后，清王朝发动了征台战争，南明王朝最后一个政权：台湾明郑政权，终于降旗投降 。朱之瑜临终前念念不忘的复国大业，就此彻底如梦 。大明王朝三十九年沉重的余波：南明王朝时代，彻底划上句号 。

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